Choď na obsah Choď na menu
 


Prehľad literatúry - kompletnosť rodokmeňov

14. 7. 2010

1.1       Kompletnosť rodokmeňov

 

Ukazovatele kompletnosti rodokmeňových informácií dávajú prehľad v akej kvalite boli rodokmeňové informácie, z ktorých bola vykonaná analýza rodokmeňov za účelom posúdenia genetickej variability. Sú využité napr. aj pri počítaní individuálnych prírastkov inbrídingu ako aj efektívnej veľkosti. Stav kompletnosti rodokmeňových informácií sa zisťuje niekoľkými metódami. Prvá metóda je založená na algoritme podľa MacCluer et al. (1983), ktorí popísali index kompletnosti rodokmeňov (1). Kompletnosť rodokmeňov je počítaná podľa indexu samostatne pre otcovské a materské línie takto:

                                                                                                               (1)

kde ai je podiel známych predkov v generácii i, d je počet nájdených generácii.  Index kompletnosti pre každého jedinca sa vypočíta ako harmonický priemer otcovských
 a materských línii:

                                                                                     (2)

Index kompletnosti rodokmeňov je súčasťou softvéru Endog (Gutiérrez a Goyache, 2005) a Eva  (Berg et al., 2007).

            Najlepším kritériom pre charakterizovanie rodokmeňových informácií
je ukazovateľ ekvivalentný počet generácií predkov, ktorý je počítaný ako podiel všetkých známych predkov cez všetky nájdené generácie. Vypočíta sa ako
suma z (1/2)n kde n bol počet generácií medzi jedincom a každým známym predkom (Maignel et al., 1996). Ekvivalentný počet generácií predkov sa pre každé zviera j  vypočíta podľa Sölkner et al. (1998) nasledovne:

                                                                                         (3)

Kde nj je celkový počet predkov jedinca j a gij je počet generácií medzi jedincom
j a jeho predkom i, N je počet zvierat v hodnotenej populácii. V tomto prípade sa 0,5 pridáva pre každého známeho rodiča, 0,25 pre starého rodiča atď. Ekvivalent kompletnosti generácie kvantifikuje počet zistených generácií (Kadlečík, 2008). Počet ekvivalentných generácií predkov je vypočítaný pre reguláciou koeficientov inbrídingu z dostupných informácií z pôvodu každého zvieraťa. Ekvivalent kompletnosti generácii je súčasťou programového balíka Pedig (Boichard, 2002), Endog (Gutiérrez a Goyache, 2005).

Cole (2007) počítal kompletnosť rodokmeňov na základe metódy popísanej
Cassell et al. (2003).  Gutiérrez a Goyache (2005) charakterizovali úroveň kompletnosti rodokmeňových informácií maximálnym počtom nájdených generácií predkov
a počtom úplných generácií predkov. Maximálny počet generácií predkov definovali ako počet generácií medzi potomkom a jeho najvzdialenejším predkom. Počet úplných generácií predkov bol definovaný ako počet generácií predkov medzi potomkom
a najvzdialenejšou generáciou predkov, kde 2g predkov jedinca sú známi. Predkovia
s neznámymi rodičmi sú považovaní za základných predkov (generácia 0).

Úroveň kompletnosti rodokmeňov závisí od kvality plemenárskej práce,  druhu
a plemena  hospodárskeho resp. domáceho zvieraťa a od metodiky vytvárania rodokmeňového súboru. Ako aj od využívania výpočtovej techniky, databázových systémov a ich rýchleho vývoja.  Moureaux et al. (1996) analyzovali genetickú variabilitu piatich plemien koní chovaných vo Francúzsku. Do piatej generácie zistili veľmi kompletné rodokmene. Od šiestej generácie poznali menej než 80 % predkov.
V siedmej generácii to už bolo menej ako 50 % s výnimkou arabského plnokrvníka. Sölkner et al. (1998) uvádzajú pri plemenách hovädzieho dobytka chovaného
v Rakúsku maximálny počet nájdených generácií predkov v rozmedzí 10 – 13. Ekvivalent kompletných generácií predkov bol od 4,13 pre simentálske plemeno
do 6,18 pre plemeno grauvieh. Pre plemeno pinzgauské to bolo 4,66 a pre braunvieh 4,16. Zechner et al. (2002) analyzovali diverzitu a štruktúru populácií ôsmich európskych chovov lipicanského plemena založenú na rodokmeňových informáciách. Maximálny počet nájdených generácií predkov bol 32 a ekvivalentý počet generácií predkov bol 15,2.  V 17 generáciíi poznali viac ako 50 % predkov. Goyache et al. (2003) zistili v žijúcej populácii oviec španielskeho plemena xalda 1,18 ekvivalentného počtu generácií predkov. Curik et al. (2003) analyzovali 360 plemenných kobýl lipického plemena, medzi ktorými bolo 37 zo žrebčína v Topoľčiankoch.  Zistili maximálny počet nájdených generácií predkov 20. V dvadsiatej generácií predkov poznali 8 % predkov. Ekvivalentný počet generácií predkov bol 15,07. Gutiérrez et al. (2003) uvádzajú pri ôsmich autochtónnych španielskych mäsových plemenách hovädzieho dobytka v prvých generáciách predkoch viac ako 60 %  známych predkov. Valera et al. (2005) uvádzajú pre andalúzske plemeno koní v prvých piatich generáciách nad 90 %. Od jedenástej generácie to bolo menej ako 15 %. Maximálny počet nájdených generácií bol 20. Gutierréz et al. (2005) pre žijúcu populáciu katalánskeho somára uvádzajú počet úplných generácií predkov 1,58 a 2,5 ekvivalentných generácií predkov. Bozzi et al. (2006) zistili pre tri mäsové talianske plemená hovädzieho dobytka ekvivalent kompletných generácií predkov a maximálny počet nájdených predkov od 4,54 do 5,66, resp. od 12 do 14. Plemeno somára amiata malo maximálne nájdených generácií predkov 1,14, úplných generácií predkov 0,53 a ekvivalentný počet predkov bol 0,78 (Cecchi et al., 2006). Plemeno asturcónského pony malo priemerne 3,16 ekvivalentných kompletných generácií predkov (Royo et al., 2007). Cervantes et al. (2008) v populácii španielskeho arabského plnokrvníka uvádzajú pre 6240 jedincov narodených  v rokoch 1995 – 2004, kde poznali do šiestej generácie viac ako 90 % predkov a 7,9 ekvivalentných kompletných generácií predkov.  Druml et al. (2009) uvádzajú pre populáciu rakúskeho norika (2808 jedincov) maximálne 31 nájdených generácií predkov a ekvivalent kompletných generácií 12,3 generácií predkov.  

 

Komentáre

Pridať komentár

Prehľad komentárov

Zatiaľ nebol vložený žiadny komentár.