Choď na obsah Choď na menu
 


Materiál a metódy práce

14. 7. 2010
   Materiál a metodika práce
 
Hodnotenie genetickej diverzity sa robilo na základe rodokmeňových informácií, ktoré boli získané a spracované z Centrálneho registra chovu koní
na Slovensku v Topoľčiankach. Hodnotené boli tieto plemená koní: arabský plnokrvník, huculské kone, shagya arabské kone, lipické kone a slovenský športový pony. Snahou bolo skompletizovať rodokmene tak, aby sa pri analýzach využil maximálny počet generácií predkov a aby rodokmeňové informácie boli kompletné. Údaje o zvieratách obsahovali identifikačné číslo jedinca, otca, matky, dátum ich narodenia, pohlavie. Aktívna populácia bola definovaná jedincami, zapísanými v plemenných knihách, ktoré tvorili jednotlivé hodnotené populácie. Pre plemeno slovenský športový pony to bolo výberom jedincov pracovníkom Zväzu chovateľov plemien koní na Slovensku. Boli použité plemenné knihy:
• Plemenná kniha Arabského plnokrvníka, Slovenská republika, Volume IV, Národný žrebčín Topoľčianky 1995 – 2007, (Horný, Kovalčík, Kovalčík, 2007)
• Plemenná kniha Shagya – arabských koní, 2002 – 2007, (Horný, Kovalčík, Kovalčík, 2007)
• Plemenná kniha Huculských koní, 2002 – 2007, (Horný, Kovalčík, Kovalčík, 2007)
• Plemenná kniha Lipicanských koní, 2002 – 2007, (Horný, Kovalčík, Kovalčík, 2007)
 
 Tvorba rodokmeňového súbora
           
Z plemenných kníh plemien sa vytvorila základná databáza všetkých jedincov, ktorá obsahovala nasledovné údaje: číslo jedinca, číslo otca a matky jedinca, dátum narodenia jedinca, pohlavie. Ďalšie rodokmeňové informácie sa využili z elektronickej verzie databázy Centrálneho registra chovu koní na Slovensku, z ktorej dopĺňali rodokmeňové informácie o predkoch hodnotených populácií plemien. Na tvorbu, úpravu a spracovanie databázy sa použil programovací jazyk štatistického analytického systému.
            Databázy boli upravené tak, aby rodokmeňový súbor pre dané plemeno bol zoradený od najstaršieho po najmladšieho jedinca.
Úroveň kompletnosti rodokmeňov
            Úroveň kvality rodokmeňových informácií bola charakterizovaná nasledovnými ukazovateľmi:
            Počet úplných generácií predkov bol definovaný ako počet generácií predkov medzi potomkom a najvzdialenejšou generáciou predkov, kde 2g predkov jedinca
sú známi. Predkovia s neznámymi rodičmi sú považovaný za základných predkov (generácia 0).
            Maximálny počet nájdených generácií predkov bol definovaný ako počet generácií medzi potomkom a jeho najvzdialenejším predkom.
            Ekvivalentný počet generácií predkov bol počítaný ako podiel všetkých známych predkov cez všetky nájdené generácie. Vypočíta sa ako suma z (1/2)n kde n bol počet generácií medzi jedincom a každým známym predkom (Maignel et al., 1996).
            Index kompletnosti rodokmeňov (MacClurer et al., 1983) bol počítaný podľa indexu samostatne pre otcovské a materské línie podľa vzťahu (1). Index kompletnosti rodokmeňov pre každého jedinca sa vypočíta ako harmonický priemer otcovských
a materských línií podľa vzťahu (2). Index kompletnosti rodokmeňov bol vypočítaný podľa generácií predkov a v 5 generačnom rodokmeni.
 
Generačný interval
Generačný interval bol vypočítaný ako demografický ukazovateľ populácie, definovaný ako priemerný vek rodičov pri narodení ich potomkov, vypočítaný pre všetky 4 gametické cesty prenosu génov (otec – syn, otec – dcéra, matka – syn, matka – dcéra).
 
            K charakteristike genetickej variability hodnotených populácií plemien koní sme použili dve skupiny ukazovateľov. Ukazovatele odvodené od spoločného predka a ukazovatele založené na pravdepodobnosti pôvodu génu. Boli vypočítané nasledovne:
•          Koeficient intenzity príbuzenskej plemenitby F definovaný ako pravdepodobnosť že jedinec má dva identické alely od jedného spoločného predka, vypočítaný podľa vzťahu (6) (Wright, 1922), počítaný podľa algoritmu Meuwissen and Luo (1992).
•          Individuálne prírastky inbrídingu pre každého jedinca ΔFi sa vypočítali podľa vzťahu (10), kde Fi bol individuálny koeficient intenzity inbrídingu jedinca i, a t je ekvivalentný počet kompletných generácií predkov pre daného jedinca (Gutiérrez et al., 2008, Gutierréz et al., 2009).
•          Efektívna veľkosť populácie nazvaná realizovaná efektívna veľkosť podľa Cervantes et al. (2008), vypočítaná v reálnych populáciách z rodokmeňov
z individuálnych prírastkov inbrídingu ΔFi podľa Gutiérrez et al. (2008):
•          Koeficient priemernej príbuznosti pre každého jedinca AR koeficient (Dunner et al., 1998, Goyache et al., 2003, Gutiérrez et al., 2003)
•          Efektívny počet základných predkov fe (Lacy, 1989), ktorý je definovaný ako počet rovnako prispievajúcich základných predkov, ktorí budú produkovať tu istú genetickú diverzitu ako v hodnotenej populácii. Vypočíta sa podľa vzťahu (14)
•          Efektívny počet predkov (Boichard et al., 1997) je minimálny počet predkov nevyhnutných pre vysvetlenie celej genetickej diverzity v hodnotenej populácii. Vypočíta sa podľa vzťahu (22):
 
K výpočtu parametrov bol použitý program Endog v. 4.6 pre monitorovanie genetickej variability v populáciach s využitím rodokmeňových informácií (Gutierréz a Goyache, 2005).
 

Komentáre

Pridať komentár

Prehľad komentárov

Zatiaľ nebol vložený žiadny komentár.